Program Centra kompetence je zaměřen na podporu vzniku a činnosti center výzkumu, vývoje a inovací v progresivních oborech s vysokým aplikačním potenciálem a perspektivou pro značný přínos k růstu konkurenceschopnosti ČR. Vzniklá centra by měla vytvořit podmínky pro rozvoj dlouhodobé spolupráce ve výzkumu, vývoji a inovacích mezi veřejným a soukromým sektorem. V návaznosti na hlavní cíl programu, kterým je zvýšení konkurenceschopnosti ČR, program usiluje o stimulaci spolupráce podniků a výzkumných organizací k vytvoření strategických partnerství, posílení interdisciplinarity výzkumu, vývoje a inovací a zvýšení horizontální mobility výzkumných pracovníků (zejména začínajících výzkumníků). Důraz je kladen na skutečnou realizaci výsledků v praxi.

Stěžejním předpokladem pro vznik a činnost centra je formulace strategické výzkumné agendy (SVA), tj. dlouhodobých strategických a operativních cílů (na 6-10 let) ve výzkumu, vývoji a inovacích, kterých chtějí uchazeči společně dosáhnout. SVA je strukturována do tzv. pracovních balíčků, ve kterých se řeší jednotlivé dílčí úkoly.   

Posláním programu CK není jednorázové naplnění konkrétního cíle, jako je např. vývoj nového výrobku, technologie, či procesu. Smyslem programu CK je vytvoření systému, v němž budou kompetentní skupiny podniků a výzkumných organizací dlouhodobě spolupracovat na naplnění cílů své strategické výzkumné agendy. Tento systém vytvořený v rámci distribuovaného centra, které nemusí nutně sídlit na jednom místě, bude mít nejen kompetenci k řešení stanovených cílů, ale bude dále generovat další výzkumné otázky a problémy v sektorech důležitých pro konkurenceschopnost ČR a bude tyto problémy schopen kompetentně řešit a vzniklá řešení pak uplatňovat v aplikační sféře.

Centrum kompetence je proto nutno chápat nikoli jako jednorázový krátkodobý projekt, ale jako systém tvořený výzkumnými a podnikatelskými partnery udržitelný i v budoucnosti.

Délka trvání programu je 8 let (2012–2019) s termíny vyhlášení tří dvoustupňových veřejných soutěží v letech 2011, 2013 a 2015. Celkově by mělo být v rámci programu Centra kompetence rozděleno 6 016 mil. Kč. Lze očekávat, že v rámci celého programu bude podpořeno přibližně 35 center s průměrným počtem 5 partnerů na jedno centrum z toho minimálně 3 podniky a 1 výzkumná organizace.

První veřejná soutěž  

Technologická agentura České republiky vyhlásila dne 29. června 2011 veřejnou soutěž ve výzkumu, vývoji a inovacích pro Program na podporu rozvoje dlouhodobé spolupráce ve výzkumu, vývoji a inovacích mezi veřejným a soukromým sektorem Centra kompetence (dále jen Program), a to dle zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků a o změně některých souvisejících zákonů, dle Rámce Společenství pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací a dle Nařízení Komise (ES) č. 800/2008 ze dne 6. srpna 2008, kterým se v souladu s články 87 a 88 Smlouvy o ES prohlašují určité kategorie za slučitelné se společným trhem (obecné nařízení o blokových výjimkách), (dále jen Nařízení Komise).

Předmětem veřejné soutěže ve výzkumu, vývoji a inovacích je výběr návrhů projektů aplikovaného výzkumu nebo experimentálního vývoje podporovaných z veřejných prostředků Technologické agentury České republiky (dále jen poskytovatel) za účelem naplňování cílů programu Centra kompetence.