Technologická agentura ČR připravuje a implementuje programy aplikovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací. Prvním vyhlášeným programem byl v roce 2010 program ALFA.  Na jaře roku 2011 byl následně vyhlášen program veřejných zakázek pro potřeby orgánů státní správy BETA. V červnu a červenci 2011 byly spuštěny ještě dva nové programy. Jedná se o program Centra kompetence, jehož cílem je podporovat rozvoj dlouhodobé spolupráce ve výzkumu, vývoji a inovacích mezi veřejným a soukromým sektorem a program OMEGA zaměřený na podporu projektů aplikovaného společenskovědního výzkumu a vývoje. V červenci 2011 byla také vyhlášena druhá veřejná soutěž programu ALFA.  

Ačkoliv ve všech programech je kladen velký důraz na aplikační potenciál výsledků projektů, jedná se o naprosto rozdílné programy lišící se nejen svým odborným zaměřením, objemem finančních prostředků, ale i cíli a způsobem výběru projektů.